Управлението на водите в Република България се осъществява на национално и басейново ниво. За басейново управление се създават басейнови дирекции и басейнови съвети. Басейновата дирекция се ръководи и представлява от Директор. Дейността, организацията на работа и състава на басейновата дирекця се определят с Правилник. През 2002 г. по силата на чл. 153 от Закона за водите (ЗВ) и в съответствие със чл.3 (ал.1) от Директива 2000/60/ЕС са създадени 4 дирекции за басейново управление на водите към Министерство на околната среда и водите:

Дунавски район (БД „ДР“) с център Плевен – обхващащ водосборните области на реките Искър, Ерма, Нишава, Огоста и западно от Огоста, Вит, Осъм, Янтра, Русенски Лом и Дунавски Добруджански реки;

Черноморски район (БД „ЧР“) с център Варна – обхващащ територията източно от подземния вододел на малм-валанжския водоносен хоризонт и водосборните области на реките, вливащи се в Черно море от северната до южната граница, включително вътрешните морски води и териториалното море. Басейнова дирекция „Черноморски район“ включва територията на 46 общини от 8 административни области с население 1 149 млн. жители.;

Източнобеломорски район (БД „ИБР“) с център Пловдив – за водосборните области на реките Тунджа, Марица, Арда, Бяла река;

Западнобеломорски район (БД „ЗБР“) с център Благоевград – за водосборните области на реките Места, Струма и Доспат.

Принципът на басейновото управление се основата на естественото разположение на вододелите между водосборните области на една или няколко основни реки на територията на РБългария.

Басейновата дирекция се координира, контролира от Министерството на околната среда и водите и е държавна администрация, която подпомага директора на басейновата дирекция при осъществяване на правомощията му, осигурява технически дейността му и извършва дейности по административното обслужване на гражданите и юридическите лица. Дейността, организацията на работа и състава на басейновата дирекця се определят с Правилник за дейността, организацията на работа и състав на Басейновите дирекции.